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Le vanillier à Madagascar, une grande valeur économique menacée par des contraintes biologiques et climatiques

Le vanillier (Vanilla planifolia) est une culture économique majeure dans l’océan Indien, représentant 80% de la production mondiale. À Madagascar, elle constitue une ressource essentielle, mobilisant de nombreux agriculteurs et favorisant des systèmes de culture vertueux, basés sur l’agroforesterie et un usage limité d’intrants. 

Cependant, la filière fait face à des défis importants. Le changement climatique, avec une hausse attendue des épisodes de sécheresse et des températures, fragilise les plantations. Différentes contraintes sanitaires dont la fusariose, maladie majeure causée par le champignon Fusarium oxysporum f. sp. radicis-vanillae, compromettent également les rendements et la durabilité de la production. 

Des avancées scientifiques en génétique et génomique du vanillier ont permis de mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance des vanilliers à la fusariose, notamment grâce aux travaux de l’UMR PVBMT (六合彩图库/Université de La Réunion). Toutefois, les connaissances sur la diversité génétique, l’épidémiologie et les facteurs de pathogénicité du champignon restent limitées. Ces informations sont pourtant essentielles pour développer des stratégies de gestion durable de la maladie. De plus, l'utilisation de stratégies de biocontrôle, utilisant notamment des microorganismes antagonistes, représente une voie encore peu explorée pour contribuer à la diminution de l'impact de la fusariose.

Félicien Favre, spécialiste en génétique et en phytopathologie du genre Vanilla

Les travaux de recherche de Félicien Favre portent sur l’étude de la diversité génétique des plantes cultivées et leurs interactions avec les agents pathogènes. Lors de sa thèse, soutenue à l’Université de La Réunion et réalisée au sein de l’UMR PVBMT, il a travaillé sur l’apport de la génomique à l’exploration de la diversité génétique des vanilliers cultivés et à l’identification de régions génétiques impliquées dans la résistance à la fusariose. Ses recherches ont permis une meilleure connaissance sur la structuration génétique du genre Vanilla et de cartographier pour la première fois des régions génétiques impliquées dans la résistance à Fusarium oxysporum. Ces travaux ont permis d’identifier des gènes candidats et de révéler les mécanismes moléculaires associés à cette résistance.

Son engagement dans l’enseignement et la vulgarisation scientifique témoigne de sa volonté de rendre ses travaux accessibles et applicables aux réalités agricoles, tout en participant à la formation des étudiants. Il a rejoint le 六合彩图库 (UMR PVBMT) en tant que chercheur en 2024. Basé à Tamatave, il poursuit ses travaux de recherche sur les vanilliers cultivés en ciblant sur la gestion durable de la fusariose. 

Un programme de recherche visant à répondre aux défis climatiques et sanitaires de la filière vanille

Le programme de recherche est scindé en trois axes. Le premier se concentre sur le champignon responsable de la fusariose, une maladie qui compromet les rendements et la durabilité de la production de vanille. Le second consiste à identifier des variétés de vanilliers mieux adaptés aux conditions climatiques changeantes. Le troisième consiste à contribuer à l'introduction et l'évaluation de nouvelles variétés de vanilliers en vue de renforcer la résilience des plantations. Ces actions sont menées dans le cadre du dispositif de recherche et de formation en partenariat (dP) Biocontrôle et épidémiosurveillance végétale en océan Indien et des projets TOAROVA et GENESS.

 1. Comprendre la diversité génétique et l’épidémiologie de Fusarium oxysporum f. sp. radicis vanillae dans le cadre du dP Biocontrôle

L’objectif est d’étudier la diversité génétique et phénotypique des populations de Fusarium oxysporum des vanilleraies de Madagascar. Ce projet vise à

i) rassembler et génotyper une collection de souches de Fusarium originaires des principales zones de production de Madagascar afin d’étudier leur diversité,

ii) évaluer le spectre de résistance à la fusariose des vanilliers résistants identifiés et

iii) proposer un scénario épidémiologique de la fusariose à l’échelle des parcelles et de la région basée sur la diversité génétique des souches pathogènes isolées. Les données moléculaires et géographiques éclaireront l’épidémiologie méconnue de la fusariose dans la perspective d’optimiser les stratégies de lutte agronomique (utilisation de stratégies de biocontrôle et pratiques agroécologiques) et génétique (meilleur criblage de variétés résistantes et estimation de leur durabilité) en collaboration avec l’UMR PVBMT à La Réunion.

2. Renforcer la résilience des plantations de vanille

L’objectif est d’identifier des variétés de vanilliers mieux adaptées aux conditions climatiques changeantes dans le cadre du projet TOAROVA que je coordonne (Utilisation de la diversité génétique pour améliorer la résilience des plantations de vanille face au changement climatique). Ce projet se fixe le double objectif :

i) sécuriser la production de vanille (V. planifolia) de Madagascar par conservation d’un ensemble de variétés représentatives de la diversité génétique nationale, possible facteur de résilience de la culture face au changement climatique, 

ii) et étudier les déterminants génétiques de l’adaptation des vanilliers à la sécheresse et à la chaleur en s’appuyant notamment sur le groupe modèle des vanilliers aphylles dont les populations malgaches ont été abondamment étudiées ces dernières années. Ce projet est fondé sur un partenariat Public - Privé, entre des établissements de recherche et de développement (Cirad et Fofifa), d’enseignement (Université d’Antananarivo et Université de La Réunion), et des opérateurs économiques œuvrant à Madagascar (Chanel) et ayant déjà une forte connaissance des vanilliers (génétique, écologie, agronomie, biochimie). 

3.  Valoriser les ressources génétiques 

 À travers le projet GENESS - Germplasm Exchange Network and Enhancement of Seed Systems , l’objectif est de participer à l’introduction et l’évaluation de nouvelles variétés de vanilliers, en vue de renforcer la résilience des plantations de l’océan Indien. Ce projet se base sur un réseau de collaboration avec des partenaires régionaux multiples (Madagascar, Les Comores et La Réunion).